سیگن در بسیاری از نوشته‌هایش به دین و ارتباطش با علم می‌پردازد و دربارهٔ تصورات سنتی از خدا به‌عنوان یک موجود انسانی تردید می‌کند. برای نمونه:بعضی‌ها فکر می‌کنند خدا یک مرد سفیدپوست بی‌قواره با ریش بلند سفید است که یک جایی آن بالاها در آسمان روی تخت سلطنت نشسته‌است و به‌شدت مشغولِ فرمان دادن به سقوط هر پرستو است. دیگرانی، مثل باروخ اسپینوزا یا آلبرت اینشتین خدا را مجموع قوانین طبیعی‌ای می‌دانستند که توصیف‌گر جهان هستند. من هیچ مدرکی برای بودن ریش‌سفیدان شبه‌انسانی که سرنوشت بشر را از یک نقطهٔ پنهان آسمانی کنترل می‌کنند نمی‌شناسم، اما انکار قوانین طبیعی، دیوانگی است.کارل سیگن، ۱۹۸۷او، ۱۹۸۱ دربارهٔ خداناباوری می‌نویسد:خداناباور کسی‌ست که از نبودن خدا اطمینان دارد. کسی که شواهد محکمی بر نبودن خدا دارد. من چنین شواهد محکمی نمی‌شناسم. چراکه خدا را می‌توان به دورترین زمان‌ها و مکان‌ها و به بی‌نهایت علت‌ها نسبت داد. ما باید بسیار بیشتر از آنچه تاکنون دربارهٔ جهان دانسته‌ایم، بدانیم تا مطمئن شویم چنین خدایی نیست. اطمینان از بودن خدا و اطمینان از نبودن خدا برای من دو انتهای مطمئن دربارهٔ موضوعی هستند که آن‌قدر پر از شک و بلاتکلیفی است که جای کمی برای اطمینان می‌ماند.