همهٔ منابع تاریخی دربارهٔ نبرد نیشابور (۱۲۲۱)، از سوی مسلمانان نوشته شده است. آنان حمله مغول و تأثیر

همهٔ منابع تاریخی دربارهٔ نبرد نیشابور (۱۲۲۱)، از سوی مسلمانان نوشته شده است. آنان حمله مغول و تأثیرات پس از آن را، به عنوان ضربه‌ای رکود کننده در تاریخ نیشابور و در پی آن، تمدن اسلامی و ایران مطرح می‌کنند: «تبدیل به جویبارهای خون گردید، از سران مردان و زنان و کودکان هرم‌هایی ساخته شد، حتی به سگ‌ها و گربه‌های شهر نیز رحم نکردند.»محمد خوارزمشاه در ۲۴ آوریل ۱۲۲۰ م به نیشابور وارد شد. مدّتی ماند و نیشابور نقش دربار خوارزمشاهیان داشت. عطاملک جوینی از چگونگی درهم‌آمیزی ازدحام و تشویش مردمان و نابسامانی سلطنت خوارزمشاهیان نوشته است. سلطان محمد در خطبهٔ نماز جمعه در نیشابور بیان داشت، که «کارِ این مغولان بلایی آسمانی است، هرکس چارهٔ خویش کند و برود یا تسلیم شود.» سپس سه تن را مأمور ادارهٔ شهر کرد: «نظام‌الدین ابوالمعالی جامی»، «ضیاءالملک زوزنی» و «مجیرالملک کافی»؛ سرانجام برای شکار از نیشابور سوی اسفراین رفت. جبه نویان و سبتای همراه گردان‌هایی در ۱۳ مه ۱۲۲۰م به نیشابور رسیدند و حاکمان سه‌گانه پیام پیروی به آن دو فرستادند. کم‌کم شورش‌هایی علیه بود-وباش سربازان امپراتوری مغولان در ربع نیشابور شدّت گرفت. سپس تولُی از سوی چنگیز، خان مغول مأمور رسیدگی شد که او تغاجار نویان را فرماندهٔ سپاه خود برگزید. تولی‌خان در ۲۰ نوامبر ۱۲۲۰م (نیمهٔ رمضان) به مرزهای ربع نیشابور رسید. در این درگیری‌ها، تغاجار نویان با تیر یک کمان‌دار مرزدار نیشابور کشته شد. شهاب‌الدین زیدری نسوی از تغییر تاکتیک فرماندهان مغولان نوشته که تا ۲۰ شهر از توابع نیشابور را تصرف نکردند، قصد نشابور نکردند. پس از چیرگی امپراتوری مغولان بر مرو، نیشابور در ۱۶ ژوئن ۱۲۲۱ م به فرماندهی تولُی سقوط کرد و در فرمان امپراتوری مغولان جای گرفت.اکنون در شهرستان نیشابور، آثاری از دورهٔ خوارزمشاهیان به‌جامانده که دربرگیرندهٔ تپه-قلعه‌های چهار گوشلی، دختر، گلبو، دهنه حیدری، رضی و کلیدر هستند. همچنین سردابه یام و قلعهٔ کهنهٔ سرده از این دسته‌اند.ابن ابی‌برکات، علی سیفی، رضی‌الدین، امیرمعزی، ابوالفضل میدانی، ابن فندق، ابن ابوسعید، ابن ابی صادق، عبدالملک جونی، عمر خیام و فریدالدین عطار از برجستگان نیشابور در این دوره بودند.نیشابور ایلخانی-تیموریپس از براندازی نیشابور در ۱۲۲۱م، ساختار شهری آن ناتوان شد و فراورده‌های کشاورزی‌اش کاهش یافت. غازان‌خان و ابوسعید بهادرخان برای آباد ساختن، مکان‌هایی در ساخته شد، جمعیت شهر فزونی گرفت و برخی روستاها باز-آباد شده. شهر جدید را در شمال و غرب شهر قدیم ساختند. در ۱۳۳۹م یا ۱۳۴۰م، حمدالله مستوفی در نیشابور بود. در زمان، این شهر و منطقهٔ آن، آبادان و مهم در خراسان به‌شمار می‌رفته. کشاورزی در منطقهٔ مرکزی نیشابور بسیار رونق داشته به‌طوری‌که او از چهل آسیاب در کنار رود میرآباد (به‌گفتهٔ او: آب‌بوستان) سخن گفته که همگی بی‌ایست کار می‌کرده است. شتاب و گنجایش این آسیاب‌ها را از تشابهی ادبی که او گفته می‌توان دریافت: «تا کشاورزان از دوختنِ سرِ یک جوال فارغ می‌شدند، یک خروار غلّه آرد می‌شد.» در بهار ۱۳۸۱م نیشابور بی‌نبرد به‌دست تیمور گرفته شد. در ۲۶ ژوئیه ۱۴۰۴م روی گونزالس دی کلاویخو سفیر هانری سوم پادشاه اسپانیا نزد تیموریان، به نیشابور رسید.در ۱۴۰۵م زلزله‌ای شدید نیشابور را لرزاند که گویا پس‌لرزه‌هایش تا چند روز پیوسته بوده. در ۲۰ آوریل ۱۴۴۷م، جنگی داخلی میان تیموریان در نیشابور رخ داد. ابن بطوطه جهانگرد مغربی، احتمالاً در دههٔ ۱۳۳۰م. به نیشابور درآمد و این شهر را توصیف کرد:یکی از شهرهای چهارگانه‌ای است که پایتخت‌های خراسان‌اند، از برای فراوانی میوه‌ها، بوستان‌ها، آب‌ها و زیبایی‌هایش «دمشق کوچک» نامیده می‌شود. ۴ نهر در آن روان است، بازارهایش نیکو و گسترده است، مسجد نوساخته‌اش در میانهٔ بازار است، که ۴ مدرسه در کنارش می‌باشد و آب‌واره‌های فراوانی دارد.او همچنین از گونه‌های پوشاک‌بافی در نیشابور نام می‌برد، که از حریر بافته می‌شدند که برای فروش به هند می‌بردند.در ۱۴۹۳م مسجد جامع نیشابور با تلاش پهلوانی به نام علی بن بایزید کرخی (احتمالاً هراتی) ساخته شد که تا کنون برجامانده و کهن‌ترین سازه در محدودهٔ کنونی نیشابور است. مدرسه گلشن، آرامگاه عطار، آرامگاه مغربی، قلعه شورگز و کاروانسرای فخر داوود از بناهای ساخته‌شدهٔ این دوران در نیشابور بوده که هنوز پابرجاست.سراج‌الدین سگزی، حسن جوری، حسن متکلم و لطف‌الله نیشابوری از مشاهیر نیشابور در این دوره‌اند؛ جمال‌الدین شریف (شام سپس مصر) محمد بکتاش (آناتولی) و منجّمه (شام) از جمله برجستگانی نیشابوری‌اند که در این دوره از زادگاه خود کوچ کردند.نیشابور صفوی