اسلام از ۶۴۳م، دین یکم در نیشابور است و از سدهٔ ۱۶ م، فقه شیعهٔ دوازده‌امامی، بیشترین پیروان در نیشا

اسلام از ۶۴۳م، دین یکم در نیشابور است و از سدهٔ ۱۶ م، فقه شیعهٔ دوازده‌امامی، بیشترین پیروان در نیشابور را دارد؛ همچنین شیعهٔ اسماعیلی، مذهب اسلامی دوم است که از سوی حکومت رسمیّت ندارد. در سدهٔ ۱۰ م، نیشابور یکی از مراکز تبلیغ اسماعیلیه در ایران و خراسان بزرگ بوده است. اکنون اسماعیلیان نیشابور در دیزباد و گروهی نیز در شهر نیشابور زندگی می‌کنند. جماعت‌خانه دیزباد مهم‌ترین مرکز اسماعیلیان در نیشابور امروزین است.برپایهٔ سخن مقدسی در احسن التقاسیم فی معرفة الاقالیم نوشتهٔ ۹۸۵م؛ در نیشابور معتزلیان آشکارند؛ اما تسلط ندارند؛ شیعیان و کرامیان در آنجا جاذبیت دارند؛ اکثریت از آن پیروان ابوحنیفه است، مگر در خورهٔ چاچ، طوس، ابیورد، حومهٔ بخارا. چاچ، طوس، ابیورد، اسفراین و حومهٔ آن شافعی مذهب‌اند و آیین ایشان به کار بسته می‌شود. خطیب‌های شهر، همه شافعی مذهب‌اند.از سدهٔ ۳ تا ۶ ه.ق، نیشابور از مراکز تصوف بوده است. بیشتر صوفیان و مشایخ صوفیه در نیشابور اهل سنت و پیروی مذهب شافعی بودند.در تاریخ نیشابور وجود اقلیت مسیحیان، زرتشتیان و یهودیان ذکر شده است. زرتشتیان در نیشابور کهن در روستای گرینه و مسیحیان در باغک و یهودیان در دیه  یهودیه ساکن بودند.از سدهٔ ۵ م. تا سدهٔ ۱۳م، مسیحیان نسطوری در نیشابور شمار برجسته‌ای داشته‌اند. تئودور نیشابوری پزشک مسیحی در سدهٔ ۴ م. بود که به سفارش وی شاهپور دوم کلیسایی در نیشابور در سدهٔ ۴ م. بنا نهاد. گزارش‌های از نویسندگان مسلمان، دربارهٔ گرایش‌ها و گرویدن‌های مسیحیان به اسلام در نیشابور در دست است. ابوعبدالله حاکم در تاریخ نیشابور از ابوعلی حسن بن عیسی نام می‌برد که از خاندانی اصیل و ثروتمند مسیحی بوده که با راهنمایی عبدالله بن مبارک مسلمان شد و از میان فرزندانش، فقها و محدثان بنامی در نیشابور برخاستند. کلیسای جامع نیشابور در جنگ‌ها و زلزله‌های سدهٔ ۱۳ م. نابوده شده است و بازسازی نشد.در اسرار التوحید، سخنانی دربارهٔ روابط ابو سعید ابوالخیر با مسیحیان در نیشابور ذکر شده است:آورده‌اند که روزی شیخ قدس اللّه روحه العزیز در نشابور برنشسته می‌رفت. به در کلیسایی رسید، اتفاق را روز یکشنبه بود جمله با شیخ گفتند: «ای شیخ می‌باید کی ایشان را ببینیم،» شیخ پای از رکاب بگردانید. چون شیخ دررفت ترسایان پیش شیخ آمدند و خدمت کردند و همه به حرمت پیش شیخ بیستادند و حالت‌ها برفت. مقریان با شیخ بودند، یکی گفت «ای شیخ دستوری هست تا آیتی بخوانند؟» شیخ گفت روا باشد. مقریان آیتی خواندند، ایشانرا وقت خوش گشت و بگریستند، شیخ برخاست و بیرون آمد. یکی گفت: اگر شیخ اشارت کردی همه زنارها بازکردندی. شیخ گفت «ما ایشان را زنار برنبسته بودیم تا بازگشاییم».مهاجرت ارمنی‌ها به نیشابور در سدهٔ ۲۰، به نوزایی مسیحیت در نیشابور انجامید. آنان را پایه‌گذار صنعت سینما در نیشابور می‌دانند که از ارمنی‌های ایران یا از مهاجرین روسی پس از انقلاب ۱۹۱۷ بوده‌اند. شمار ارمنی‌های نیشابور از دهه ۱۹۸۰ کاسته شد و امروزه اقلیتی ناچیز هستند. مسیحیان ارمنی در سدهٔ ۲۰ در نیشابور، یک خیابان به نامشان بود (خیابان ارامنه) که پس از انقلاب ۱۳۵۷ ایران در شورای نامگذاری، به «خیابان مسیح» تغییر نام داد. کلیسایی کوچک و آرامگاه خانوادگی (هاروتونیان) در این خیابان بوده است که سرنوشتی ناروشن دارند. مسیحیت در نیشابور در سدهٔ ۲۱م. با فعالیت‌های مسلمانانی مسیحی‌شده آشکار شد. در ۲۳ ژوئن ۲۰۱۲، روزنامه خراسان دربارهٔ مسیحی‌شدن بیش از ۶۰۰ مسلمان در نیشابور به‌دست آنچه «مبشرین مسیحی» نامید، خبر داد.مشاهیردورهٔ میان ۷۰۰م-۱۲۲۵ عصر زرّین دانش در نیشابور بوده است. نیشابور زادگاه، جایگاه و کوچگاه شمار بسیاری از برجستگان است، به‌طوری‌که ابواسحاق اصطخری جغرافی‌دان برجستهٔ ایرانی در سدهٔ ۴ه.ق/۱۰م گفته: «ازین شهر دبیران و ادیبانِ معروف برخاسته‌اند، چندان که عُلمایِ این سامان را شمار نتوان کرد.» علم حدیث بس‌دانش‌آموخته‌ترین دانش در نیشابورِ سده‌های میانه بوده است. سپس، بیشتر این برجستگان به ادبیات فارسی و عربی گرایش داشته‌اند.مهم‌ترین برجستگانی که نیشابورزاده‌اند، از گذشته تا کنون:داوود، مزدک، کنارنگ و تئودور در دورهٔ ٔ ساسانیان؛مسلم بن حَجّاج، ابوعبدالله حاکم و ابن راهویه در علم حدیث؛ابن خزیمه، ثعلبی، ابوبکر عتیق، ابن منذر و ابن ابی‌طیّب در قرآن‌شناسی؛ابوالحسن عامری، ابو رشید و عبدالکریم قشیری در فلسفه؛ابوالفضل میکالی و ابوالحسن باخرزی در شعر عربی؛واحدی، ثعالبی و ابوالفضل میدانی در زبان‌شناسی عربی؛