🔓یه ابزار خیلی خفن برای کسایی که با پژوهش پزشکی، ژنتیک، سرطان، دارو یا داده‌های مولکولی سروکار دارن 👀🧬اسمش gget ـه.ایده‌ش خیلی ساده‌ست:به‌جای اینکه برای پیدا کردن اطلاعات یک ژن یا پروتئین بین چندین دیتابیس مختلف بچرخین، gget اجازه می‌ده خیلی از این اطلاعات رو مستقیماً با چند دستور ساده از Python یا حتی Google Colab بگیرین.ولی نکته جالب اینه که کاربردش فقط «Bioinformatics» به معنای کلاسیک نیست.با gget می‌تونین:🧬 درباره یک ژن اطلاعات کامل پیدا کنیناسم، ID، transcript، sequence و annotationهای مختلفش رو بگیرین.🧪 لیست ژن‌هاتون رو از نظر pathway و disease بررسی کنینمثلاً ببینین ژن‌هایی که از یک مطالعه درآوردین بیشتر با چه pathway، بیماری یا عملکرد سلولی مرتبط هستن.🎯 Gene–Disease و Gene–Drug relationship پیدا کنینیعنی برای یک ژن بررسی کنین با چه بیماری‌هایی ارتباط داره و چه داروها یا targetهایی ممکنه بهش مرتبط باشن.🎗️ توی Cancer Research استفاده کنینژن‌ها، mutationها و alterationهای مرتبط با سرطان رو بررسی کنین و به داده‌های منابعی مثل COSMIC و cBioPortal دسترسی داشته باشین.🔬 داده Single-cell پیدا کنینمثلاً بگین:expression این ژن رو در lung و در یک cell type خاص می‌خوامو مستقیماً داده قابل استفاده برای تحلیل بگیرین.🧫 Expression یک ژن رو در tissueهای مختلف بررسی کنینمثلاً ببینین یک ژن در brain، liver، lung یا بافت‌های دیگه چه الگویی از expression داره.💊 برای Drug Discovery و Target Identification ایده بگیرینمثلاً از یک ژن candidate شروع کنین و ارتباطش با disease، pathway، protein و drug targetها رو دنبال کنین.🧠 برای Neuroscience و Psychiatric Genetics استفاده کنیناگر از GWAS، transcriptomics یا differential expression به یک سری candidate gene رسیدین، می‌تونین سریع‌تر biological context اون‌ها رو بررسی کنین.🧬 Sequence Analysis انجام بدینBLAST، BLAT، multiple sequence alignment و مقایسه sequenceهای DNA یا protein هم داخل همین ecosystem در دسترسه.🧩 اطلاعات ساختار پروتئین پیدا کنینبه PDB و annotationهای ساختاری پروتئین دسترسی داشته باشین و ارتباط sequence، protein structure و functional sites رو بررسی کنین.🦠 حتی دیتاست‌های ژنومی ویروس‌ها بسازینمثلاً sequenceهای یک ویروس رو همراه با metadata از دیتابیس‌های بزرگ دریافت و فیلتر کنین.در واقع gget می‌تونه بین این‌ها پل بزنه:Clinical/Research Question↓Gene↓Transcript / Sequence↓Expression↓Cell type / Tissue↓Pathway↓Disease↓Drug Target↓Protein Structureو چیزی که جذابش می‌کنه اینه که برای خیلی از این کارها لازم نیست هر بار جداگانه وارد ۵ تا دیتابیس مختلف بشین.gget رایگان و Open-source هست و به‌صورت Python package و command-line tool قابل استفاده‌ست.مقاله معرفی ابزار هم در Bioinformatics از Oxford University Press منتشر شده.برای پروژه‌های:Cancer ResearchGeneticsPrecision MedicineDrug DiscoverySingle-cell ResearchMolecular MedicineNeuroscienceInfectious DiseasesBiomarker Discoveryواقعاً ارزش امتحان کردن داره.اسم ابزار: gget 🧬⚠️ثبت نام دوره جدید منتورینگ پاییز از طریق ادمین فقط تا پانزده شهریور👇🏻@mediversecenterچنل مدیورس👇🏻@themediverse